L’histoire de La route d'Eldorado est inspirée de la nouvelle de Rudyard Kipling publiée en 1888 :  «L’homme qui voulut être roi» et de son adaptation au cinéma réalisée par John Huston en 1975.

Cette nouvelle conte l’histoire de deux franc-maçons britanniques nommés Carnehan et Dravot qui aspirent à devenir rois du Kafiristan ( région au nord-est de l'Afghanistan). Ils sont aidés par un journaliste qui écoute l’histoire de l'un des deux héros (Peachy Carnehan) revenu seul deux ans plus tard.

Carnehan commence son récit lorsque les deux amis font route vers le nord et rencontrent un soldat britannique nommé Billy Fish. Ce dernier décide d’entreprendre le voyage avec eux.
Un peu plus tard, lors d’une bataille contre des autochtones, une flèche heurte Dravot mais il continue de se battre sans égratignure. En réalité, son armure a permis de le protéger. Les indigènes le croient alors immortel et les deux amis décident d'entrer dans leur jeu.
Ils sont convoqués dans la ville de Sikandergul à la demande du grand prêtre. Les habitants pensent que Dravot est le fils d’Alexandre Le grand car il porte un médaillon sculpté de son visage. Ils se souviennent encore de cet homme venu des années auparavant et devenu roi de leur pays. Ils le couronnent roi à son tour.

Dravot accepte sont statut de dirigeant mais Peachy Carnehan souhaite partir. Le nouveau souverain tombe amoureux d’une femme nommé Roxanne avec laquelle il souhaite avoir une descendance. Carnehan accepte de rester dans le pays jusqu’à leur mariage. Cependant, la femme craint de mourir si elle entretient une relation avec un dieu. Un jour, Dravot tente de l’embrasser devant ses sujets mais elle le mord jusqu’au sang. Il apparait alors qu’il n’est qu’un mortel puisqu’il peut saigner. Ce dernier s’enfuit avec Carnehan et Billy Fish qui sont poursuivis par la foule. Billy tente de les arrêter en les combattant mais se fait tuer et les deux amis sont emmenés par les soldats.

En guise de châtiment, Dravot est jeté dans un précipice depuis un pont de corde qu’il a lui même fait construire et Billy Fish est crucifié. Carnehan repart alors en Inde et retrouve le journaliste à qui il raconte son histoire.